基于TCGA数据的女性不吸烟肺癌患者相关lncRNAs的筛选

作者：肖梨花; 李淳; 曾文明; 李娜^*; 尹辉明^*

来源：临床检验杂志, 2019, 37(02): 148-151.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2019.02.17

• 女性不吸烟肺癌
• TCGA数据
• 长链非编码RNA

目的通过对TCGA数据库中女性不吸烟肺癌患者相关基因测序数据进行分析,筛选差异表达的长链非编码RNA(lncRNAs)。方法下载TCGA中女性不吸烟肺癌患者的基因表达数据及相应的临床信息,利用R软件包对数据进行处理、整合和分析,筛选差异表达基因,并通过Survival包进行预后分析。结果筛选获得354个与女性不吸烟肺癌相关的差异表达lncRNAs,其中在肿瘤组织中降低表达的lncRNAs 45个,高表达的lncRNAs 309个,预后分析表明LINC01863的表达水平与女性不吸烟肺癌患者的预后呈正相关(P<0.05),LINC02487、LINC01419和DSCAM-AS1的表达水平与患者的预后呈负相关(P<0.05)。结论对TCGA中的高通量测序数据进行再分析筛选获得多个与女性不吸烟肺癌患者致病相关的lncRNAs,为女性不吸烟肺癌患者的诊断和预后评估提供了潜在的新靶标。

• 单位
  湖南医药学院第一附属医院; 南华大学附属第二医院