搭建基于ROCKS的计算机集群系统虚拟筛选β位淀粉样前体蛋白分泌酶1抑制剂

作者：刘述; 余菁; 汪华侨

来源：中华生物医学工程杂志, 2010, 16(2): 118-122.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1674-1927.2010.02.007

• 计算机
• 药物评价
• 临床前
• 阿尔茨海默病
• β位淀粉样前体蛋白分泌酶1
• 分子对接

目的 搭建价格便宜的计算机集群用于大规模药物虚拟筛选β位淀粉样前体蛋白分泌酶1(BACE-1)抑制剂.方法 对32台普通个人计算机(PC)进行安装部署Rocks4.3集群操作系统,使用系统自带的默认资源管理软件Sun Grid Engine(SGE),利用AutoDock 4.0在PC集群上进行大规模的虚拟筛选BACE-1抑制剂.结果 针对老年性痴呆发病的关键酶BACE-1成功地虚拟筛选了Sigma公司100000个小分子化合物数据库,发现了2个具有开发潜力的苗头化合物.其解离常数分别为303.36和1.79 nmol/L,半数抑制浓度为(91.0±3.5)和(73.0±4.8)μmol/L.结论 利用普通计算机集群系统可以象高性能计算机一样完成药物虚拟筛选工作.

• 单位
  中山大学中山医学院; 解剖学教研室