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摘要
目的利用生物信息学模块化分析方法,筛选头颈部鳞癌中的功能性基因模块,为头颈部鳞癌的研究和治疗提供新的靶点。方法获取GEO数据库中头颈部鳞癌的全基因组数据(GSE6631)后,利用R语言limma包筛选头颈部鳞癌中差异表达基因。通过STRING数据库,建立头颈部鳞癌中差异表达基因的蛋白-蛋白互作网络。然后,利用Cytoscape软件的MCODE插件筛选头颈部鳞癌中的基因模块。利用DAVID数据库,获得模块功能。最后,挖掘模块基因中的蛋白激酶基因并利用Selleckchem数据库筛选其激酶抑制剂。结果共筛选出头颈部鳞癌中的差异表达基因929个(P<0.05且|Fold Change|≥2)。根据String数据库,发现这些差异基因中共有5 588个蛋白质互作对,并据此建立鼻咽癌中的蛋白质互作网络。利用MCODE方法在蛋白质互作网络中共筛选出3个基因模块。GO分析显示这些模块与头颈部鳞癌的关系十分密切,主要包括参与细胞周期、细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等重要肿瘤细胞活动。3个模块包含3个蛋白激酶基因,即CDK1、CDK4和CDK5,共筛选出调控它们的39个激酶抑制剂,其中20个对头颈部鳞癌的作用还不清楚,具有成为抗癌新药的潜力。结论头颈部鳞癌中的3个功能性基因模块可能在头颈部鳞癌的发生发展中发挥重要作用,20个激酶抑制剂可能通过调控CDK家族基因来调控头颈部鳞癌的发生发展,这些功能性模块的挖掘和激酶抑制剂的筛选可能为头颈部鳞癌的研究和治疗提供新的靶点。
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单位内蒙古医科大学附属医院
