水是重要的生态环境要素和最宝贵的自然资源。我国目前在水资源生态保护立法方面,已经建构了符合科学发展观的法律体系,发挥了重要作用,但是也还存在一些瑕疵因而有待完善:目前我国立法尚未形成自上而下的水法体系,一些相关法规尚不健全,在监督管理的主体上存在冲突,没有形成有效的水资源生态保护机制,相关法规赋予执法者的自由裁量权过大且操作性差等。本文针对我国目前水资源生态保护存在的立法瑕疵,提出了相应的完善对策。