引入序列信息的残基相互作用网络比对算法

作者：陶斯涵; 丁彦蕊^*

来源：软件学报, 2019, 30(11): 3413-3426.

DOI：10.13328/j.cnki.jos.005571

• 残基相互作用网络比对
• 序列信息
• 网络拓扑信息
• 残基匹配度
• 蛋白质热稳定性

残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.

• 单位
  工业生物技术教育部重点实验室; 江南大学