生物信息学分析萝卜硫素上调RAB7交互溶酶体蛋白与非小细胞肺癌细胞自噬的关联

作者：张彤; 周妍; 吴巍^*

来源：山西医科大学学报, 2022, 53(04): 383-389.

DOI：10.13753/j.issn.1007-6611.2022.04.001

• 萝卜硫素
• 微管
• 自噬
• 凋亡
• 非小细胞肺癌
• RAB7交互溶酶体蛋白(RILP)
• ATP6V0D1

目的 研究萝卜硫素(sulforaphane, SFN)抑制非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)细胞自噬溶酶体形成的机制。方法 利用免疫荧光共聚焦技术观察溶酶体在非小细胞肺癌细胞A549中的亚细胞定位；使用高效液相色谱与质谱联用分析SFN(20μmol/L)处理A549细胞后蛋白质组的表达差异；分别使用不同浓度的SFN(0,10,20,30μmol/L)处理人非小细胞肺癌A549细胞，通过蛋白免疫印迹技术检测RILP蛋白的表达。利用TCGA及UNLCAN数据库分析肺癌组织与癌旁组织中RAB7交互溶酶体蛋白(RILP)及ATP6V0D1蛋白的差异表达；利用ONCOLNC数据库分析RILP及ATP6V0D1与肺癌患者生存期的关联；利用TCGA数据库分析在肺腺癌和肺鳞癌组织中RILP与自噬相关蛋白LC3Ⅱ、RILP与ATP6V0D1、ATP6V0D1与LC3Ⅱ的相关性；利用STRING数据库分析RILP蛋白与微管蛋白TUBB/TUBA1A、LC3Ⅱ间的相互作用。结果 在SFN处理的A549细胞中观察到溶酶体发生核周聚集。液相色谱和质谱联用分析表明：在SFN处理的A549细胞中，380个蛋白表达上调，278个蛋白表达下调，差异有统计学意义(P<0.05)。蛋白免疫印迹结果显示：随着SFN浓度(0,10,20,30μmol/L)的升高，RILP的表达显著上升(P<0.05)。TCGA数据库结果显示：RILP、ATP6V0D1蛋白在非小细胞肺癌组织中低表达(P<0.05)。与高表达RILP、ATP6V0D1蛋白的患者相比，低表达RILP、ATP6V0D1蛋白的肺癌患者生存期短(P<0.05)。STRING数据库结果显示RILP蛋白与微管蛋白TUBB/TUBA1A以及自噬相关蛋白LC3Ⅱ相互作用。同时，TCGA数据库显示在肺腺癌和肺鳞癌组织中，RILP蛋白与ATP6V0D1蛋白的表达呈正相关(P<0.01),RILP蛋白与LC3Ⅱ蛋白的表达呈正相关(P<0.01),ATP6V0D1蛋白与LC3Ⅱ蛋白的表达呈正相关(P<0.01)。结论 SFN通过上调RILP的表达，从而加强RILP与溶酶体ATP6V0D1蛋白及LC3Ⅱ的关联，抑制非小细胞肺癌细胞自噬溶酶体形成。

• 单位
  首都医科大学; 基础医学院