海峡两岸金融合作日益密切,但两岸有关金融犯罪的刑事立法、司法制度却存在差异,大陆地区金融犯罪绝大部分集中规定于刑法典中,其定罪标准、犯罪种类、处罚也一律依据刑法典,台湾地区则因其"金融"的特性,将相关内容规定于金融法中,金融法是金融犯罪的主要依据;刑事司法制度上大陆地区负责金融犯罪查处的机构与普通刑事案件基本一致,但开始探索设立专业机构,台湾地区对金融犯罪则通过立法方式规定查办机构的专业化。