斑点叉尾鮰全基因组完整型微卫星生物信息学分析

作者：钟立强; 张世勇; 姜虎成; 王明华^*; 陈校辉^*

来源：基因组学与应用生物学, 2022, 41(03): 504-513.

DOI：10.13417/j.gab.041.000504

• 斑点叉尾鮰
• 基因组
• 微卫星
• 特征分析
• 分布规律

本研究通过生物信息学方法对斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星序列进行了筛选，并对其分布规律进行了分析。斑点叉尾鮰全基因组中，共筛选出678 681个完整型的微卫星，总长度15.8 Mb,占基因组序列总长的2.25%,相对丰度963 loci/Mb。六种微卫星重复类型中，二碱基重复最多，共341 143个，占微卫星总数的50.27%,之后依次为单碱基(152 700个，22.50%)、四碱基(94 956个，13.99%)、三碱基(80 951个，11.93%)、五碱基(7 765个，1.14%)和六碱基(1 166个，0.17%)。基因组中重复数前十的微卫星类别分别为：GT/AC,A/T,AG/CT,AT,ATT/AAT,ATTT/AAAT,C/G,GTTT/AAAC,AGAT/ATCT和ACT/AGT。斑点叉尾鮰29条染色体中，13号染色体所含微卫星数目最多(39 089个),16号染色体所含微卫星数目最少(10 692个),微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈显著正相关。同时，16号染色体微卫星出现频率最高(1 478 loci/Mb),3号染色体微卫星出现的频率最低(713 loci/Mb),微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度也呈显著正相关。本研究为斑点叉尾鮰微卫星标记的开发、遗传分析和分子育种奠定了基础。

• 单位
  江苏省淡水水产研究所