口腔鳞状细胞癌淋巴转移关键基因的筛选与鉴定

作者：陈英^*; 罗丽; 钟雅静; 曾钦

来源：第三军医大学学报, 2019, 41(12): 1149-1155.

DOI：10.16016/j.1000-5404.201901143

• 口腔鳞状细胞癌
• 淋巴转移
• 差异表达基因
• 生物信息学

目的筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)发生淋巴转移的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载OSCC表达谱芯片GSE2280,利用在线工具GEO2R对表达差异基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选。基于DAVID数据库对DEGs进行GO分析及KEGG通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络。使用CytoHubba插件鉴定枢纽基因,并使用肿瘤基因图谱数据库(the cancer genome atlas,TCGA)在口腔肿瘤病例中进行枢纽基因突变的生存分析比较。结果在OSCC发生淋巴转移与未发生淋巴转移的患者中共筛选出131个DEGs,其中74个上调基因,57个下调基因。上调基因GO功能主要富集在消化降解(GO:0007586)、中间丝细胞骨架(GO:0045111)、受损的DNA结合(GO:0003684),主要参与胰腺分泌(hsa04972)和代谢途径(hsa01100),下调基因GO功能富集在细胞外基质组成(GO:0030198)、胶原三聚体(GO:0005581)和细胞外基质结构成分(GO:0005201),主要参与细胞外基质受体相互作用(hsa04512)及蛋白质消化吸收(hsa04974)。关键的枢纽基因包括:DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN。枢纽基因分析结果显示:TP63突变的患者出现生存率降低的趋势(P=0.717),VCAN突变的患者呈现生存率升高的趋势(P=0.568),但生存率差异均无统计学意义。结论 DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN关键基因在OSCC淋巴转移中具有潜在的基础和临床研究价值。

• 单位
  重庆市人民医院; 第三军医大学; 中国人民解放军陆军军医大学