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摘要
旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征，深入理解影响产蛋性能的因素，为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康的文昌鸡（35周龄，15公，20母）和30只健康的江汉鸡（35周龄，10公，20母）的血液组织各3 mL提取DNA，采用全基因组重测序方法建库测序。首先，对于原始测序数据用trimmomatic 软件过滤，获得高质量序列比对到鸡的参考基因组，GATK软件提取变异位点SNPs，设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点，进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后，比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异，分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima’s D的阈值，筛选受到选择的区域，并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明：1）文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data，平均每个样本大约29.97 Gb，测序深度大约28×；江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data，每个样本大约36.72 Gb，测序深度大约35×；平均比对率 > 98%。2）两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区；系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远；文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3）与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括三种必须氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能，而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述，影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌，这3个因素在进化过程中都受到强烈选择，对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理，不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征，而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。
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