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摘要
目的利用生物信息学手段探讨胃癌中的差异表达基因及其临床意义。方法收集四个GEO胃癌数据集及TCGA胃癌数据集。分析各数据集中癌周组织和癌组织间存在显著表达差异的基因。对整合后的差异表达基因进行GO基因富集分析及KEGG信号通路富集分析。同时对差异表达基因编码的蛋白质进行蛋白互作网络分析。最后利用TCGA数据集分析了COL1A1基因的表达水平及其与患者TNM分期和生存的关系。结果整合四个GEO数据集的结果发现在癌周组织和癌组织间存在105个具有显著表达差异的基因,其中34个基因上调,71个基因下调。其中COL1A1可能参与细胞外基质的调控,处于蛋白互作网络的核心地位。在四个GEO数据集和TCGA数据集中COL1A1均在胃癌组织中存在高表达。COL1A1在较晚TNM分期的患者组织中存在高表达,COL1A1表达较高的患者预后较差。结论 COL1A1可能作为胃癌的诊断指标、治疗靶点或者预后评估标志物。
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单位牡丹人民医院
