本发明公开了一种胍基离子液体催化葡萄糖异构制备果糖的方法。该方法以胍基离子液体为催化剂,以水为反应介质,在葡萄糖初始反应浓度为0.05~4mol/L,胍基离子液体催化剂对葡萄糖的摩尔分数为0.5%~40%,氮气压力为0.5~1.2MPa,反应温度为60~120℃,反应时间为2~60min的条件下实现了葡萄糖的选择性的异构制备果糖。本发明方法催化体系具有无毒、生物可降解、绿色环保,催化活性高、果糖选择性高的特点,本发明方法反应条件温和,反应时间短,催化剂具有良好的重复利用性能。