基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析

作者：方辉; 蒋胜理; 曲俊杰; 周思泓; 潘凤英

来源：江苏农业科学, 2017, 45(20): 64-67.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2017.20.013

• 毛葡萄
• 转录组
• 高通量测序
• 简单重复序列(SSR)

利用毛葡萄叶片高通量转录组测序数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)搜索并对其所在的序列进行注释,从而为毛葡萄分子标记开发提供有效信息。从35 238条质量较高的unigene中搜索到4 428个SSR位点,对这些序列进行基因本体(gene ontology,简称GO)、同源蛋白质簇(cluster of orthologous groups of proteins,简称COGs)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyslopedia of genes and genomes,简称KEGG)分类,给出功能注释和Pathway注释,共注释了3 197条unigene。COG数据库将SSR序列分成25类,通过GO分类和KEGG富集性分析,将SSR序列分别归类于38个GO类别和103条通路。这些序列涉及了许多重要的生物功能和代谢途径,预示着这些潜在的标记可能与重要的生物功能有关,这些信息为毛葡萄分子标记的开发和应用奠定了基础。

• 单位
  广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室; 广西农业科学院