头颈鳞状细胞癌相关致病基因的筛选和临床分析

作者：黄巧; 尹时华^*; 廖行伟; 翟思佳

来源：中国耳鼻咽喉颅底外科杂志, 2019, 25(04): 385-392.

• 头颈鳞状细胞癌
• 差异表达基因
• 生物信息学
• 生存分析

目的筛选头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),进一步探究其潜在分子机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载HNSCC基因芯片数据集,通过GEO2R鉴定HNSCC与正常样本间的DEGs,并对DEGs进行基因本体(gene ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路分析,应用Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络构建,最后通过UALCAN数据库进行生存分析。结果筛选出143个DEGs,其中上调基因50个,下调基因93个。GO分析显著富集在胶原分解代谢过程、细胞粘附及蛋白水解等生物过程,KEGG通路分析显著富集在药物代谢、核因子-κB(muclear factor-κB,NF-κB)信号通路、ECM-受体相互作用、补体和凝血级联等通路。PPI网络构建筛选出15个HNSCC相关核心基因,其中PLAU、SPP1、TIMP1被鉴定为临床相关基因。结论 SPP1是抗癌治疗的良好靶标,也是指导放射治疗的标志物。PLAU和TIMP1可能是HNSCC的关键基因,有望成为分子靶向治疗的新靶点,PLAU和SPP1可能通过NF-κB信号通路调节HNSCC发展。

• 单位
  广西医科大学