基于细菌共现网络的土壤粘细菌分离

作者：周杨; 蚁烁星; 张鲜姣; 姚青; 朱红惠^*

来源：生物资源, 2020, 42(05): 531-539.

DOI：10.14188/j.ajsh.2020.05.007

• 细菌共现网络
• 捕食
• 辅助菌
• 粘细菌
• 子实体

粘细菌是一类分布广泛的捕食性细菌,能够产生种类多样、结构新颖、作用机制独特的天然活性物质。但是粘细菌分离纯化困难且耗时,导致其资源匮乏,这已成为粘细菌开发利用的重要瓶颈之一。基于辅助菌的分离方法是当前获得粘细菌资源的重要方法,然而辅助菌多为大肠杆菌(Escherichia coli)等革兰氏阴性菌。为了获得新的辅助菌和粘细菌资源,本研究基于土壤细菌16S rRNA基因高通量测序数据构建细菌共现网络(bacterial co-occurrence network),发现粘细菌-细菌子网络中有27%的连接节点为放线菌。因此,本研究选择革兰氏阳性菌球形节杆菌(Arthrobacter globiformis)GDMCC 1.1730作为辅助菌,并在捕食培养基上验证其捕食活性。结果表明该辅助菌能够被所有参与测试的粘细菌(12个物种)所捕食。以GDMCC1.1730作为辅助菌进行粘细菌的分离,共诱导出11种粘细菌子实体,且包括一种仅由GDMCC 1.1730诱导而大肠杆菌未能诱导出的子实体。本研究基于细菌共现网络和捕食活性验证,提供了一株革兰氏阳性菌作为新的粘细菌辅助菌,该辅助菌能够诱导出土壤中的多种粘细菌子实体,为根据细菌共现网络获取未/难培养微生物资源提供了新的证据。

• 单位
  广东省微生物研究所; 华南农业大学; 广东省菌种保藏与应用重点实验室