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摘要
测序技术的快速发展导致病原体基因数据急剧增加, 将这些数据与系统发育分析方法相结合, 可用于阐述病原体的起源和进化、流行过程中的时空分布、参数变化以及抗原、毒力、耐药性等表型特征变化规律、病原体传播趋势预测等。本文简述了系统发育研究的目的和系统发育树的构建方法, 阐述了距离法、最大简约法、最大似然法、贝叶斯法等常用系统发育重建方法的优缺点和适用范围, 并重点回顾了系统动力学和系统地理学方法在国内外研究中的应用及主要流行病学参数的估计方法, 通过综述也发现, 病毒基因组数据建立的带有时间和地点注释的系统发育树越来越多地用于传染病疫情暴发调查和常规监测。
