基于全基因组测序的72株耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

作者：穆成^*; 孙蕊; 王志锐; 赵慧; 王春花

来源：中国热带医学, 2023, 23(07): 725-741.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2023.07.09

• 结核
• 全基因组关联研究
• 高通量核苷酸测序
• 突变

目的 利用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)了解天津地区72株耐多药结核分枝杆菌(multidrug-resistant tuberculosis, MDR-TB)的耐药基因突变特征，评估WGS预测MDR-TB耐药性的效果。方法 收集2020年1—9月天津市结核病控制中心门诊部就诊患者的临床菌株，使用硝基苯甲酸(PNB)培养基进行菌种鉴定和固体比例法药敏试验。排除重复菌株后，筛选出72株MDR-TB进行WGS。使用在线数据库进行数据分析，对表型药敏结果与WGS预测的耐药谱进行比较。结果 72株MDR-TB基因型均为L2分支，准广泛耐药(pre-extensive drug-resistant tuberculosis, pre-XDR-TB)在现代株和古代株中的差异无统计学意义(χ2=0.287,P=0.592)。共发现与12种药物耐药相关基因的突变类型81种，对不同药物耐药的菌株中常见突变类型分别为链霉素：rpsL Lys43Arg；异烟肼：katG Ser315Thr；利福平：rpoB Ser450Leu；乙胺丁醇：embB Met306Val；氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星：gyrA Asp94Gly；卡那霉素、卷曲霉素、阿米卡星：rrs 1401a>g；对氨基水杨酸：folC Ile43Thr。丙硫异烟胺耐药株9种突变类型，每种1株。WGS预测不同药物耐药的灵敏度和特异度分别为链霉素：98.15%,88.89%；异烟肼：90.28%，-；利福平：98.62%，-；乙胺丁醇：79.49%,75.76%；氧氟沙星：97.30%,85.71%；卡那霉素：85.71%,98.46%；对氨基水杨酸：27.27%,95.08%；丙硫异烟胺：81.82%,60.66%；卷曲霉素：60.00%,98.51%；左氧氟沙星：97.22%,83.33%；莫西沙星：97.30%,85.71%；阿米卡星：100.00%,100.00%。结论 WGS方法快速，与表型药敏一致性较高，具有良好的应用前景。