贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析

作者：宋兴超; 孟金柱; 赵园园; 吴震洋; 安清明^*

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(03): 893-903.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.03.005

• 贵州白山羊
• MyoG基因
• 启动子区
• 转录因子
• 生物信息学

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板，设计2对引物，采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列，通过DNAStar和Mega 5.0软件分别进行不同物种MyoG基因启动子区序列相似性比对及系统进化树构建，利用生物信息学软件预测分析该序列核心启动子区、转录因子结合位点、顺式作用元件、CpG岛等结构特征。【结果】贵州白山羊MyoG基因启动子区序列长2 334 bp,包括2 092 bp的5′-侧翼序列和242 bp的外显子1,GC含量略低于AT含量。通过不同物种比对分析，贵州白山羊MyoG基因启动子区序列与绵羊、牛、猪、人、小鼠和鸡同源序列相似性分别为98.34%、96.15%、77.76%、74.15%、57.63%和43.04%。系统进化树结果表明，贵州白山羊与绵羊和牛的亲缘关系较近，与鸡的亲缘关系最远。生物信息学结构预测发现，贵州白山羊MyoG基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游50 bp, 5′-侧翼区存在1个潜在的启动子区域和1个CpG岛，含有1个TATA-box(TTTAAATG)、1个GC-box(CCGCCC)、2个CAAT-box(CCAAT)、17个E-box(CANNTG)和1个富含A/T碱基的元件结构(TATATTTAT)。AliBaba 2.1、PROMO、Patch 1.0、JASPAR2022和AnimalTFDB 3.0在线软件综合预测发现，贵州白山羊MyoG基因启动子区存在Sp1、NF-1、MEF2、MyoD、USF、GATA-1、GATA-3、SRF、C/EBP和c-Myb等多种转录因子潜在结合位点。【结论】本研究成功克隆获得贵州白山羊MyoG基因启动子区序列，为深入解析该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供理论依据。

• 单位
  铜仁学院