蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定

作者：郭睿; 陈华枝; 童新宇; 熊翠玲; 郑燕珍; 付中民; 解彦玲; 王海朋; 赵红霞; 陈大福

来源：中国农业大学学报, 2019, (01): 61-68.

• 蜜蜂球囊菌
• 转录组
• 已注释基因
• 结构优化
• 新基因 Ascosphaera apis
• transcriptome
• annotated gene
• structure optimization
• novel gene

为补充和完善蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis基因组序列和功能注释信息,本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序,并基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化,对未注释基因进行预测、鉴定和分析。将测序得到的有效读段进行参考基因组比对和转录本重构;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对。结果表明:共对101个已注释基因的5′端或3′端进行了延长;共鉴定出373个新基因,随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证,其中8个能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的多数新基因真实存在;共计147个球囊菌新基因可注释到Nr和eggNOG数据库中,85个...

• 单位
  福建农林大学; 广东省生物资源应用研究所