新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析

作者：周烨真; 张世豪; 陈嘉仪; 万成松; 赵卫^*; 张宝^*

来源：南方医科大学学报, 2020, 40(02): 152-158.

• SARS-CoV-2
• 冠状病毒
• 进化
• 变异

目的分析新型冠状病毒SARS-CoV-2的进化、变异情况。方法从GISAID、NCBI中下载相关病毒全基因组序列,运用生物信息学软件MEGA-X、BEAST、TempEst等软件,构建基因组进化树,推测病毒的时间进化信号,计算病毒出现的tMRCA时间,分析病毒进化的选择压力。结果基因组进化树显示SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒Beta CoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013、bat-SL-CoVZC45、bat-SL-CoVZXC21和SARS-CoV等病毒共同构成冠状病毒β属的Sarbecovirus亚属。现在的病毒序列有微弱的时间进化信号,tMRCA平均时间为73 d,95%可信区间(38.9～119.3 d),与BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013病毒不具正性时间进化信号,与bat-SL-CoVZC45和SARS-CoV具有强的正性时间进化关系。病毒在流行期间存在变异,主要是净化选择压力。结论病毒SARS-CoV-2可能出现在2019年11月左右,来源于蝙蝠相关冠状病毒。结果将有助于研究病毒SARS-CoV-2的溯源、进化,对疾病进行正确防控具有指导意义。

• 单位
  公共卫生学院; 南方医科大学