境外输入新型冠状病毒XBB.1.5分支变异株基因组特征分析

作者：赵娟; 郭金华; 张绍福; 李岩; 刘建礼; 刘莉; 包阔; 田睿^*

来源：国际病毒学杂志, 2023, 30(05).

• 新型冠状病毒
• XBB.1.5分支变异株
• 全基因组
• 二代测序

目的了解境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)XBB.1.5的基因组特征, 为病毒溯源及疫情防控提供参考。方法通过二代测序获得新型冠状病毒全基因组, 应用序列拼接软件和在线分析网站, 获得基因分型;通过MEGA X进行多序列比对, 分析病毒突变位点并构建系统进化树。结果获得6例2023年2月初至3月中旬经北京口岸输入的XBB.1.5毒株的全基因组序列。全基因组核苷酸突变位点分析显示, 与武汉参考株(NC045512.2)相比, 6例XBB.1.5的基因组序列核苷酸突变数量显著增加, 约为120～127个。突变位点在SARS-CoV-2不同基因的分布不一致, 突变较多的分别是S、ORF1a、N和ORF1b基因。氨基酸突变分析显示, 6例毒株S蛋白存在38个XBB分支病毒的特征性突变位点和1个非特征性突变位点, 其中在病毒受体结合域, XBB.1.5携带F486P突变, 而在XBB则携带F486S突变。最大似然法系统进化树分析显示, 输入病毒与来源国或来源国周边地区流行毒株相似度较高。结论有必要持续开展输入性新型冠状病毒的全基因组监测, 以了解境外毒株的分子学特征, 为新冠病毒溯源及防控提供参考依据。