干燥综合征相关差异表达基因的筛选

作者：赵文甲; 刘维^*; 吴沅皞

来源：医学研究生学报, 2018, 31(09): 916-920.

DOI：10.16571/j.cnki.1008-8199.2018.09.004

• 干燥综合征
• 通路富集分析
• 基因
• 差异表达

目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组织类型为人类腮腺组织,包括符合2002年美欧共识小组诊断标准的SS样本24份及非SS样本25份。从GEO数据库中获取SS样本腮腺组织细胞表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,将数据导入Cytoscape软件,计算网络拓扑特性,筛选核心基因。结果 SS样本中分别筛选到24个上调基因和147个下调差异基因,差异基因涉及细胞黏附分子、肠道免疫网络Ig A分泌、病毒性心肌炎、类风湿关节炎及白细胞跨内皮迁移信号通路。PTPRC、CD86、STAT1、FYN、LCP2为关键基因。结论通过生物信息学方法可筛选出SS相关生物通路以及关键基因,为进一步揭示SS发病机制提供参考。

• 单位
  天津中医药大学第一附属医院; 天津中医药大学