本文概述了SSR和AFLP分子标记的特点及技术的发展,回顾了两种分子标记在植物遗传连锁图谱构建和QTL定位、遗传多样性和遗传结构分析、种质资源鉴定等方面进行的联合应用,并对标记中普遍存在的异源同型现象进行了综述。