用蒙特卡洛方法估计蛋白质折叠速率

作者:邓洁旖; 吕军*
来源:内蒙古工业大学学报(自然科学版), 2023, 42(03): 206-210.
DOI:10.13785/j.cnki.nmggydxxbzrkxb.2023.03.001

摘要

采用蛋白质残基间的非局域接触距离构造接触得分函数,将蛋白质结构映射为接触得分序列。假设接触是独立形成的,应用蒙特卡洛方法对146个蛋白质的实验折叠速率值进行了估计,结果显示,蒙特卡洛步骤数与折叠速率之间存在良好的相关性,拟合优度达到0.69。进一步,若仅保留那些由特定氨基酸参与的非局域接触得分,认为这些接触在折叠过程中扮演了重要角色,此时蒙特卡洛步骤数与折叠速率之间的相关性将提高到0.72。结果表明,由特定残基参与形成的非局域接触数量是决定蛋白质折叠速率的主要因素。

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