栽培奇楠沉香叶绿体基因组特征及系统发育分析

作者：刘巧珍; 代江鹏; 朱鹏坚; 林月霞; 高晓霞; 朱爽

来源：中国中药杂志, 2023, 48(20): 5531-5539.

DOI：10.19540/j.cnki.cjcmm.20230617.101

• 栽培奇楠
• 沉香
• 叶绿体基因组
• 系统发育分析

以栽培奇楠沉香“糖结”叶片为材料，利用高通量测序技术获取其叶绿体基因组，并结合NCBI下载的12个沉香属叶绿体基因组，采用生物信息学方法明确其叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明，栽培奇楠沉香“糖结”的叶绿体基因组序列长度为174 909 bp, GC量为36.7%,共注释基因136个，其中蛋白质编码基因为90个、tRNA为38个、rRNA为8个。重复序列分析共检测得到80个SSR和124个长重复序列，其中，SSR大部分由A和T碱基重复组成。密码子偏好性分析结果表明AUU是使用次数最多的密码子，密码子倾向使用A和U结尾。沉香属叶绿体基因组比较分析显示，IR区边界相对保守，共获得5个高变异区域：trnD-trnY、trnT-trnL、trnF-ndhJ、petA-cemA、rpl32,可作为潜在的沉香属特异性DNA条形码。选择压力分析结果表明rbcL、rps11、rpl32基因参与正向选择。系统发育分析结果显示栽培奇楠沉香“糖结”和白木香聚为一支(支持率100%),支持国产奇楠沉香种质基原植物为白木香。该研究得到的叶绿体基因组数据可为栽培奇楠沉香的遗传多样性研究和沉香属分子鉴定奠定基础。

• 单位
  广东药科大学