基于生物信息学筛选染料木素抗骨肉瘤靶基因

作者：郭良煜; 余铃; 陈敬腾; 龚长天; 施玉博; 郭卫春^*

来源：生物信息学, 2021, 19(01): 47-54.

• 染料木素
• 骨肉瘤
• 生物信息学
• 靶基因

染料木素是一种天然的小分子物质,在多种肿瘤中显示出抗肿瘤作用,探究染料木素作用于骨肉瘤的靶基因。从DrugBank下载与染料木素有关的靶基因,分别导入string数据库中进行分析,用Cytoscape作出蛋白质相互作用(PPI)网络,同时用插件Cytohubb分析PPI,获得25个关键基因,再用WebGestalt分析25个基因的KEGG通路,选取与骨肉瘤相关通路的靶基因,得到的靶基因用HCMDB数据库验证,最后用miRDB预测靶基因的miRNA并在GSE65071数据库中进行验证。一共筛选出13个与染料木素有关的靶基因,选择其中药理作用不明的11个基因进行后续分析,string数据库中获得284个与11个靶基因有关的基因,使用WebGestalt分析25个关键基因,随后选取NF-kappa B和Rap1信号通路的靶基因在HCMDB数据库中进行验证,最后使用miRDB和GES65071数据库得到hsa-miR-23b-3p,hsa-miR-23a-3p,hsa-miR-141-3p和hsa-miR-200a-3p。研究显示CXCL8,CXCL12,LPAR1和CNR1;hsa-miR-23b-3p,hsa-miR-23a-3p,hsa-miR-141-3p和hsa-miR-200a-3p可能成为骨肉瘤的治疗靶基因。

• 单位
  武汉大学人民医院