通过生物信息学方法构建系统性红斑狼疮患者的基因表达亚群

作者：马江磊; 陈华秋; 王光明^*

来源：大理学院学报, 2022, 7(10): 60-67.

• GEO数据库
• 生物信息学
• 系统性红斑狼疮
• 基因表达亚群
• 差异表达基因

目的：利用生物信息学方法构建系统性红斑狼疮（SLE）基因表达亚群。方法：从GEO数据库下载GSE121239、GSE65391和GSE154851的微阵列数据集，利用R软件对数据集消除批次效应、聚类共识分组、临床特点分析，使用STRING网站对特异性基因所表达的蛋白质构建蛋白质相互作用（PPI）网络图，筛选枢纽蛋白对应的基因，进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析。结果：共获得1 254例SLE样本、124例健康对照样本。PPI网络分析显示节点最多的蛋白分别为：STAT3、TLR4、BRIX1、TLR2;KEGG分析表明：自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、核糖体、线粒体自噬、细胞凋亡、血小板活化、造血细胞谱系、破骨细胞分化、甲型流感等信号通路富集最显著。结论：将SLE患者分成了3个基因亚群，可为该病的诊断、分类及个体化治疗提供潜在的依据。

• 单位
  大理大学第一附属医院; 大理大学