GAGE和GSEA在基因集研究中的有效性比较

作者：张威; 张扬; 曹文君; 李运明; 陈长生

来源：现代生物医学进展, 2013, (10): 1849-1852+1865.

DOI：10.13241/j.cnki.pmb.2013.10.004

• 基因表达谱
• 基因集
• 富集得分
• 基因富集分析
• GAGE Gene Expression Profile
• Gene-set
• Enrichment Score
• Gene Set Enrichment Analysis
• Generally Applicable Gene-set Enrichment

目的:研究在基因芯片数据分析中自限性原假设和竞争性原假设两类方法的优劣性和准确型,选取各自具有代表性的GAGE(Generally Applicable Gene-set Enrichment)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)两种基因集分析方法筛选富集基因集的效能,并探讨其筛选效果。方法:采用两种待比较的方法在实际基因表达谱数据中分析研究,比较筛选结果的准确性和科学性,探讨两种方法筛选富集基因集的效果。结果:两方法对已知的基因表达谱数据进行应用分析表明GAGE的检验效能和筛选出的基因集生物学相关性均优于GSEA。结论:GAGE作为一种自限性原假设的基因集分...

• 单位
  第四军医大学; 长治医学院; 中国人民解放军成都军区总医院