草莓病毒1山东分离物全基因组分析

作者：何成勇; 赵晓丽; 许腾飞; 高德航; 李世访; 王红清^*

来源：园艺学报, 2023, 50(01): 153-160.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2021-0934

• 草莓
• 草莓病毒1
• 基因组全长
• 高通量测序

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%～88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。

• 单位
  中国农业大学; 植物病虫害生物学国家重点实验室; 中国农业科学院植物保护研究所