内部治理问题是当前制约我国农民专业合作社发展壮大的重要因素。内部治理机制存在严重缺陷的主要由于内部人控制严重、产权不清晰、激励机制不足、外部人控制等原因造成。这些严重地影响了专业合作社的凝聚力、竞争力和对农民的带动作用。应根据农民专业合作社治理机制存在的问题和不足,采取相应的改进措施。