基于GEO数据库预测分析卵巢癌顺铂耐药相关基因及意义

作者：严静; 黄益玲; 黄利鸣

来源：巴楚医学, 2021, 4(02): 85-90.

DOI：10.3969/j.issn.2096-6113.2021.02.022

• 卵巢癌
• 顺铂耐药
• GEO数据库
• 差异表达基因

目的:运用生物信息学方法筛选卵巢癌顺铂耐药差异表达基因,并对其进行相关生物学分析以获得卵巢癌耐药相关分子标志物。方法:从GEO数据库中寻找出3个卵巢癌顺铂耐药相关芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,并作韦恩图获取交集;通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析;对显著差异表达基因构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并获取枢纽基因(Hub基因);利用UALCAN在线分析Hub基因在卵巢癌中生存曲线。结果:筛选出3个数据集的差异共表达基因67个。富集分析表明这些基因在结构分子活性、细胞对高氧反应、细胞基质粘附、成骨细胞分化、细胞外泌体、局灶性黏连、细胞外基质受体相互作用等方面具有重要功能。通过分析获得10个Hub基因:ITGB2、VCL、ITGA2、ITGB4、GBP1、COL6A1、MT2A、UST、VCAN、DSEL。生存曲线分析表明,VCAN基因表达的升高使得卵巢癌患者总体生存率显著降低(P<0.05)。结论:癌基因VCAN可作为卵巢癌顺铂耐药分子标志物,为卵巢癌顺铂耐药的诊断、治疗靶点选择及预后判断提供参考。

• 单位
  三峡大学