金针菇高表达基因的密码子偏好性及特征分析

作者：陈奕钊; 李晓宇; 吴家来; 胡佳; 刘媛媛; 叶新怡; 李慧; 陶永新^*

来源：菌物学报, 2022, 41(06): 939-951.

DOI：10.13346/j.mycosystema.210390

• 金针菇
• 密码子偏好性
• 高表达基因

为探究金针菇的密码子偏好性，挖掘高表达基因的特征信息，以金针菇基因组及转录组数据为材料，分析金针菇的密码子偏好性及其影响因素，并对发育阶段高表达基因进行功能注释和顺式元件分析。分析表明，金针菇高表达基因表现出较强的密码子偏好性，且其偏好密码子多以胞嘧啶(C)结尾，此外在高表达基因中存在6种氨基酸的最优密码子较为保守。在进化过程中，金针菇高表达基因密码子偏好性受到自然选择压力的影响较大。功能注释分类表明，高表达基因多为核糖体通路相关的基因，与蛋白质翻译和生物合成相关。顺式元件分析表明，高表达基因启动子区域大多存在MeJA响应元件、ABA响应元件、光响应元件及MYB转录因子结合元件。研究结果可为提高金针菇异源表达效率和挖掘强启动子提供理论基础和思路。

• 单位
  河北省农林科学院; 生命科学学院; 福建农林大学