葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析

作者：尚会平; 林祥祥^*

来源：中华眼视光学与视觉科学杂志, 2022, 24(03): 208-215.

• 葡萄膜黑色素瘤
• 长链非编码RNA
• 内源竞争RNA

目的: 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的内源竞争RNA(ceRNA)网络, 筛选与葡萄膜黑色素瘤(UM)生存预后相关的长链非编码RNA(lncRNA), 并进行相关性分析。方法: 以生物信息学为手段, 通过疾病预后相关分析, LncRNA亚细胞定位检索, 从肿瘤基因组图谱数据库中筛选lncRNA表达数据集。通过mircode数据库和targetscan数据库找到lncRNAs对应的靶microRNA(miRNA), Venn分析筛选出共同的与UM预后相关的miRNA。在多个数据库中同时检索, 筛选出共同的miRNA-mRNA。通过KEGG富集与lncRNA-miRNA-mRNA网络可视化, 最终确定出与UM生存预后相关的候选lncRNA。结果: 在对lncRNA的下游靶miRNA及功能基因的预测中, 鉴定出了630对候选miRNA-mRNA。通过ceRNA调控基因表达的机制, 筛选出了9个可能发挥ceRNA功能的lncRNA。KEGG分析得到lncRNA的下游调控基因主要富集在参与肿瘤病理进程的信号通路中。SHNG6可能通过调控has-miR-214-5p、has-miR-214-3p、has-miR-let-7b-5p、has-miR-let-7c-3p等miRNAs, 调节下游的功能基因BAX、IGF1R、KRAS、PIK3R1、PDGFD等。结论: lncRNAs通过ceRNAs机制, 调控一系列参与肿瘤发生发展的致癌基因的表达, 影响UM的预后及治疗, SHNG6、LINC01278等lncRNAs可能在其发生发展、迁移及侵袭等方面扮演着重要角色。

• 单位
  温州医科大学附属眼视光医院; 温州医科大学附属第一医院