基于高通量测序的瞿麦叶片转录组分析

作者：武悦; 单飞彪; 闫文芝; 杨蕾; 李彦标; 陈阳^*

来源：分子植物育种, 2022, 20(05): 1522-1529.

DOI：10.13271/j.mpb.020.001522

• 瞿麦(Dianthus superbus)
• 转录组
• 基因注释
• 代谢通路
• 简单重复序列

为获得瞿麦(Dianthus superbus L.)的基因数据并了解其基因功能，本研究通过高通量测序技术对瞿麦幼苗叶片的转录组进行测序，并对其进行生物信息学分析。通过Illumina测序平台共获得10 825条Unigene，总长度为15 384 267 bp。将获得的Unigene分别与Nr、GO、KOG等7大数据库进行比对，最终有8 255条(76.26%) Unigene获得注释。其中8 201条Unigene在Nr数据库中获得注释，注释同源物种主要是甜菜、藜麦；与GO数据库比对后获得注释Unigene 5 886条，分为细胞组分、生物进程和分子功能3个功能大类23个亚类；KEGG数据库共获得注释Unigene 6 204条，共涉及6大类45个亚类346个代谢通路，其中以新陈代谢相关通路分布较多；KOG数据库共获得注释Unigene 5 303条，分为25个功能类别，基因注释最多的为一般功能和翻译后修饰；在所有Unigene中共检测到SSR位点5 201个，以单核苷酸和三核苷酸重复为主。本研究为开展瞿麦功能基因挖掘、次生代谢途径解析和遗传多样性分析提供了理论基础。

• 单位
  巴彦淖尔市农牧业科学研究院