地处俄罗斯西北部的波罗的海三国,在历史上便与俄罗斯有很深的积怨。20世纪初期,尤其是三国相继加入苏联以后,其境内的东正教教会在领属问题上多次变更,在莫斯科牧首区和君士坦丁堡牧首区两者之间徘徊。近年来,随着俄罗斯与乌克兰等国的矛盾加剧,波罗的海三国的东正教领属问题再次凸显出来。波罗的海地区的东正教会领属问题与地区间政治博弈有关,也是苏联时期大批俄罗斯移民在解体后遗留的问题之一。