苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

作者：左茜茜; 宋英杰; 马心妍; 杨云卉; 王轶菲; 郭泽光; 朱雄智; 刘越^*

来源：中国农业科技导报, 2022, 24(04): 38-51.

DOI：10.13304/j.nykjdb.2021.0521

• 苦荞
• 染色体
• 简单重复序列(SSR)
• 遗传多样性

苦荞是一种重要的杂粮作物。利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价。共检测到51 485个SSR位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20%),其次为三核苷酸重复型(17.76%)。苦荞SSR中包含361种类型重复基元,具有碱基偏好性,优势基元为AT/TA(69.60%)、AAT/TTA(2.49%)和AGA/TCT(2.10%)。序列长度变化范围为12～228 bp,长度12～20 bp的占比57.93%,长度大于20 bp的占比42.07%。SSR位点分布在每条染色体上的数量和种类特征较为一致,不同染色体能检出的SSR种类具有特异性。根据不同类型SSR位点设计并合成156对引物,筛选出17对多态性较高的引物用于遗传多样性分析,发现42份苦荞地方品种资源具有较高的多样性,美姑县的黑苦荞遗传多样性最高,布拖县的样品多数聚为同一分支,多样性显著低于美姑县和昭觉县的品种,西南种质库保存的野生苦荞与其他栽培品种明显分离。通过大量SSR的挖掘特别是染色体特异性SSR位点的挖掘,对苦荞种质资源的鉴定分析以及苦荞分子标记辅助育种有重要意义;遗传多样性检测也显示了SSR分子标记的可用性,以及黑苦荞的遗传多样性水平,对苦荞遗传多样性保护研究提供了新的途径。

• 单位
  中央民族大学