方剂学是中国医药的重要组成部分之一,长期以来,如何解释方剂配伍化学成分的意义、及有效性做出科学合理的解释,是目前中医药现代化亟需解决的问题。系统生物学是通过整体观念来研究生物成分的相互关系,本文系统阐述系统生物学四个方面基因组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学在方剂学研究的进展。