基于CRISPR1上游侧翼序列鉴定沙门菌的效果评价

作者：梁文娟; 王鹏飞; 段广才^*; 郗园林; 杨海燕; 陈帅印

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(11): 1310-1313.

DOI：10.13350/j.cjpb.201114

• 沙门菌
• 成簇规律间隔的短回文重复序列
• 侧翼序列
• 鉴定

目的评价基于成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)1上游侧翼序列鉴定沙门菌的效果。方法在NCBI里通过已知的重复序列BLAST识别并获得全基因组测序沙门菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas)信息;选择并提取确定CRISPRs的上、下游各500bp的侧翼序列,使用Clustal X软件比对侧翼序列;采用PCR方法扩增沙门菌的CRISPRs序列和CRISPR1上游特异侧翼序列,与金标准API方法鉴定的菌株比较,评价CRISPR1上游特异侧翼序列检测对鉴定沙门菌的效果。结果 329株全基因测序和38株实验室保存的沙门菌均存在I-E CRISPR/Cas,除猪霍乱沙门菌C500外,其余所有菌株均存在CRISPR1和2两个位点。在沙门菌的CRISPR1上游侧翼序列存在61bp的特异序列,一致性为99%,且具有种属特异性,通过PCR扩增此序列鉴定沙门菌的灵敏度为97.4%,特异度为99.1%。结论基于CRISPR1上游侧翼序列鉴定沙门菌的方法灵敏特异,效果良好。

• 单位
  新乡医学院; 河南科技大学; 郑州大学; 公共卫生学院