鸟王茶基因密码子偏好性分析

作者：滕腾; 赵懿琛^*; 赵德刚

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(02): 795-801.

DOI：10.13417/j.gab.040.000795

• 鸟王茶
• 密码子用法
• 高频密码子
• 密码子偏好性

生物体中普遍存在密码子使用偏好性,这对基因的异源表达效率具有较大影响。本研究使用CodonW软件对鸟王茶(Camellia sinensis var. niaowangensis)转录本中1 856个编码氨基酸的基因密码子进行分析,计算其密码子相对使用度,确定了27个最优密码子,并发现最优密码子大多以A或U结尾。通过ENC-GC3关联分析及PR2-plot偏倚分析,发现鸟王茶密码子使用模式受到突变和选择等多种因素的影响。与其他物种对比发现,鸟王茶密码子偏好性与其他物种存在不同程度的差异,其中与杨树及烟草差异最小。由于密码子具有通用性,分析结果对通过重建密码子提高茶树基因在其他植物中的表达效率从而验证鸟王茶基因功能具有一定意义。

• 单位
  贵州大学; 贵州省农业科学院