布鲁氏菌Omp2b蛋白抗原表位的生物信息学分析

作者：李大伟; 张峰波; 李智伟; 江晓明; 沙桐; 赵骁; 陈志强; 丁剑冰^*

来源：山东医药, 2020, 60(34): 6-10.

• 布鲁氏菌
• 外膜蛋白2b
• 生物信息学
• T细胞表位
• B细胞表位

目的利用生物信息学软件分析布鲁氏菌外膜蛋白2b(Omp2b)蛋白的抗原表位。方法从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌Omp2b蛋白的氨基酸序列。通过Prot Param软件分析Omp2b蛋白的理化性质;利用SOMPA在线软件分析Omp2b蛋白的二级结构;使用SWISS-MODEL在线分析和构建Omp2b蛋白的三级结构,并使用Ras Mol2.7.2.1软件分析。利用IEDB、DNAStar软件预测Omp2b蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI、IEDB软件预测Omp2b蛋白的T细胞抗原表位。结果对Omp2b蛋白的一级结构分析发现,Omp2b蛋白是一种稳定亲水性蛋白质;在Omp2b蛋白的二级结构中,无规卷曲和β转角构成较多; Omp2b蛋白的三级结构是环状的,非常稳定,其表位主要位于三级结构的上部和下部。经DNAStar、IEDB软件预测,Omp2b蛋白具有8个B细胞抗原表位,其位点分别位于66～85、115～131、169～176、184～188、196～212、268～286、306～316、328～352。经SYFPEITHI、IEDB在线软件预测,Omp2b蛋白具有7个CTL优势表位,其位点分别位于76～84、102～110、231～239、241～249、290～298、329～337、335～343; Omp2b蛋白具有3个Th优势表位,其位点分别位于133～147、178～192、202～216。结论布鲁氏菌Omp2b蛋白具有7个CTL优势表位、3个Th优势表位和8个B细胞抗原表位,具有良好的免疫原性。这为布鲁氏菌病诊断和疫苗研发提供了一定理论依据。

• 单位
  新疆医科大学; 新疆医科大学第一附属医院; 新疆医科大学第五附属医院