规模巨大的高校建设工程受到国家、地方政府以及高校领导层的日益重视,对建设工程进行施工全过程审计势在必行,但当前部分高校的审计职能尚未完全发挥。文章在分析当前高校工程审计管理的现状和施工全过程审计存在问题的基础上,探讨了如何完善现有的建设工程全过程跟踪审计组织制度保障、厘清部门职能以及加强审计成果运用。