基于TCGA数据库的肺癌和结直肠癌放疗后差异基因筛选、功能及通路研究

作者：万志杰; 王航; 杜志鹏; 余南希; 张芳晓; 秦宏冉^*

来源：同济大学学报(医学版), 2022, 43(04): 467-473.

• 肺癌
• 结直肠癌
• 放疗
• 辐射敏感
• 生物信息学分析

目的 筛选影响肺癌和结直肠癌放疗敏感性的相关基因及其通路，为患者实现精准放疗提供理论依据。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出肺癌和结直肠癌放疗患者，根据生存期是否超过3年分成两组，进而利用limma软件分析两组患者之间差异表达基因，筛选P<0.05且差异倍数(fold-change, FC)>1.5或FC<0.67的基因并对其进行GO功能注释和KEGG富集、筛选差异表达基因，Kaplan-Meier plotter分析差异表达基因总体生存率。结果 从TCGA数据库中筛选出269个上调基因和211个下调基因。其中差异表达基因主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、细胞色素P450对外来生物代谢的影响等生物过程。主要富集在上皮细胞增殖、细胞-细胞黏附的调节、体液免疫反应、对外界刺激反应的积极调节等功能方面。与生存期小于3年的患者相比，SFTPB(P=0.000 11)、SFTPA2(P<0.000 1)基因低表达的患者生存曲线明显较好，而OLFM4(P=0.000 11)、LGALS4(P<0.000 1)高表达的患者有更好的生存率。结论 SFTPB、SFTPA2、OLFM4和LGALS4可能是影响肺癌和结直肠癌放疗敏感的关键基因。

• 单位
  同济大学附属上海市肺科医院; 中国人民解放军第二军医大学; 温州医科大学