人乳头瘤病毒16整合感染宫颈上皮细胞系恶性转化后的转录组学分析

作者：唐奕; 陈荃; 李华平; 李润祥; 梁碧华; 彭丽倩; 陈教全; 欧珊珊; 吴伟鸿; 朱慧兰^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2023, 37(03).

• RNA-seq
• 转录组学
• 人乳头瘤病毒16
• 恶性转化
• 永生化人宫颈上皮细胞

目的探讨人乳头瘤病毒16(human papillomavirus type 16, HPV16)整合感染宫颈上皮细胞(H8细胞)恶性转化的相关基因、信号通路和可能机制。方法构建H8细胞恶性转化的细胞模型, 采用Transwell试验检测恶性转化后H8细胞的细胞侵袭能力、细胞迁移能力的变化, 平板克隆形成实验法检测恶性转化后H8细胞克隆形成能力的变化。提取恶性转化的H8细胞、H8细胞的总RNA, 采用Illumina Novaseq 6000测序平台对两组细胞进行转录组学测序, 鉴定和分析差异表达基因(DEGs), 并进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析以及蛋白互作网络分析。结果恶性转化的H8细胞侵袭能力[(6 503±62.43)个比(298±32.19)个, P<0.001]、迁移能力[(15 241±93.83)个比[(7 753±76.32)个, P<0.001], 克隆形成能力[(428.3±5.03)个比[(281.3±12.10)个, P<0.001]较H8细胞显著升高。转录组学测序结果显示, 与H8细胞组相比, 恶性转化的H8细胞组共有203个基因存在表达差异, 其中98个上调, 105个下调。GO富集分析表明DEGs主要参与了细胞内进程、生物调节和代谢过程等生物过程, KEGG分析发现主要与丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路、P53信号通路、TGF-β信号通路、PI3K-Akt信号通路相关。PPI分析筛选得到DDIT3、TRIB3、ASNS等10个关键基因。结论与H8细胞相比, 恶性转化的H8细胞在转录水平出现大量差异表达基因和通路, 可进一步为恶性转化致癌的机制提供新思路, 以及为预防恶性转化寻找新靶点。

• 单位
  广州医科大学