基因表达对膀胱癌生存结局的预测：稀疏与混合Cox模型的实证比较研究

作者：陆皓杰; 曾平^*; 黄水平^*

来源：中国卫生统计, 2022, 39(01): 25-30.

• 线性混合模型
• Cox模型
• 基因表达
• 预后预测
• 膀胱癌

目的 研究稀疏Cox(coxlasso)与混合Cox模型(coxlmm)在全基因表达数据中对膀胱癌预后的预测表现。方法 通过计算一致性指数(C-index)评价两种模型在膀胱癌全基因表达数据中(TCGA,GSE31684和GSE13507)的预测精度，同时在混合Cox模型中将膀胱癌的生存方差划分为临床(PCE)和转录组(PGE)两部分。结果 当TCGA数据集为训练集时，coxlmm预测能力(C-index=0.676)高于coxlasso(C-index=0.655),两者在外部验证集的C-index分别为0.527和0.534。当三个合并数据集为训练集时coxlmm(C-index=0.671)比coxlasso(C-index=0.650)的预测精度提高2.1%。当GSE31684为训练集时，coxlmm(C-index=0.553)比coxlasso(C-index=0.550)的预测精度提高0.3%,两个模型在外部验证集上的C-index分别为0.632和0.633。生存方差划分表明膀胱癌的临床贡献高于转录组的贡献(PCE=14.95%,PGE=10.88%)。结论 成功构建了一种用于膀胱癌的预后预测的coxlmm模型，揭示了整合全转录组信息可在一定程度上提高膀胱癌预后预测能力。

• 单位
  徐州医科大学; 公共卫生学院