基于RAD-seq简化基因组测序的金湖乌凤鸡遗传进化研究

作者：韩威; 沈华伟; 殷建玫; 朱云芬; 沈海玉; 李国辉; 薛倩; 张会永; 苏一军; 窦新红; **华; 邹剑敏

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2020, 49(02): 206-211.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2020.02.010

• 金湖乌凤鸡
• 简化基因组测序
• 遗传进化

利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度Ho为0.213 6、核苷酸多样度Pi为0.240 4,近交系数Fis为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数Fst为0.155 6,平均基因流Nm为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过Fst和θπ检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.

• 单位
  江苏省家禽科学研究所