数量性状主基因+多基因混合遗传分析R软件包SEA v2.0

作者：王靖天; 张亚雯; 杜应雯; 任文龙; 李宏福; 孙文献; 葛超; 章元明^*

来源：作物学报, 2022, 48(06): 1416-1424.

• 双亲分离群体
• 数量性状
• 主基因+多基因混合模型
• R软件包
• SEA

利用双亲分离群体数量性状表型值可鉴定其主基因+多基因混合遗传模型,为数量性状遗传基础和作物育种提供参考信息。为全面总结数量性状分离分析的研究成果、添加软件包新功能和矫正以前版本的缺陷,在RStudio-1.4.1103平台和R编程语言框架下,开发了具有交互式图形用户界面的R软件包SEA v2.0。该软件可分析14种双亲分离群体类型,每种群体类型均有数据导入、数据分析、后验概率计算和分布曲线绘制4个模块。为节省计算时间,用doParallel包并行计算、data.table包读写数据和MASS包估计分布参数。用KScorrect、kolmim和shiny包简化程序。只要用户上传*.csv格式数据文件并设置相关参数,可快速显示计算结果。通过大豆结荚习性数据分析和MonteCarlo模拟研究,证实了SEAv2.0软件包的有效性。软件包可从https://cran.r-project.org/web/packages/SEA/index.html下载。

• 单位
  华中农业大学