确山黑猪HOXA5基因组织表达及生物信息学分析

作者：段栋栋; 李聪; 李梦雨; 李欣; **君; 李秀领; 韩雪蕾; 乔瑞敏; 李新建^*

来源：河南农业大学学报, 2022, 56(02): 281-289.

DOI：10.16445/j.cnki.1000-2340.20220210.001

• 确山黑猪
• 大白猪
• HOXA5基因
• 基因克隆
• 组织表达
• 生物信息学分析

【目的】探究确山黑猪HOXA5基因的组织表达情况和HOXA5蛋白的结构功能。【方法】利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)技术检测HOXA5基因在确山黑猪各组织中的表达情况，并与大白猪皮下脂肪和背最长肌进行对比；以确山黑猪皮下脂肪组织为cDNA模板，克隆确山黑猪HOXA5基因编码(coding sequence, CDS)区序列，利用生物信息学软件分析确山黑猪HOXA5基因CDS区序列及其编码蛋白质的结构和功能。【结果】HOXA5基因在确山黑猪肺脏中表达量最高，其次是肝脏和皮下脂肪，且显著高于其他组织。同时，HOXA5基因在确山黑猪皮下脂肪组织中表达量显著高于大白猪。通过对确山黑猪HOXA5基因进行克隆及生物信息学分析，获得的确山黑猪HOXA5基因CDS区全长813 bp,编码270个氨基酸，与牛、绵羊、马、黑猩猩、小鼠、人和鸡的同源性分别为99.1%、99.0%、98.8%、97.8%、97.4%、95.6%和81.3%。确山黑猪HOXA5蛋白分子质量为29.28 kD,主要位于细胞核内，属于酸性、亲水性蛋白，且不具有跨膜结构和信号肽；在二级结构和三级结构中，HOXA5蛋白由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成，为混合型蛋白，以无规则卷曲为主。【结论】HOXA5基因作为调控猪脂肪沉积的候选基因，在确山黑猪品种的改良中具有重要意义。

• 单位
  动物科技学院; 河南农业大学