水稻重要农艺性状控制基因GBTS液相芯片开发及应用

作者：李军玲; 刘燕清; 崔中秋; 孙玥; 王晓静; 苏京平; 王胜军; 张红磊; 张嘉楠; 闫双勇^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-19.

• 水稻
• 重要农艺性状控制基因
• 靶向测序基因型检测
• 多聚单核苷酸多态性

为了促进优良性状控制基因的育种应用，本研究整理和分析了已克隆控制水稻抗病、产量、品质、抽穗期等多个重要农艺性状控制基因的功能变异位点98个，开发了可同时对这些重要位点进行基因型鉴定的靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing， GBTS)液相芯片。数据分析显示，本研究开发的液相芯片除了能检测功能已知的目标SNP/InDel外，还能检测位于扩增子区域的SNP/InDel位点1 349个，mSNP (multiple single-nucleotide-polymorphisms)位点47个。利用GBTS芯片对12份水稻育种材料的基因型鉴定结果表明：该芯片能成功进行94个位点的基因型鉴定，检测到优良性状控制等位基因62个；总共发现SNP/InDel位点204个，其中包含未报道的新变异147个。这些结果显示本研究开发的水稻重要农艺性状控制基因GBTS液相芯片在检测育种材料已知优良性状控制基因和发掘新的有育种价值的等位基因方面有重要应用价值。

• 单位
  天津市农业科学院