基于人参果转录组测序的SSR和SNP特征分析

作者：陈姝欣; 朱浩东; 杨梦思; 陶连德; 钟启文; 杨世鹏^*

来源：西南农业学报, 2020, 33(11): 2412-2416.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2020.11.002

• 人参果
• SSR
• SNP
• 转录组

【目的】对人参果转录组测序产生的SSR以及SNP进行分析。【方法】提取总RNA,利用MISA(MicroSatellite,鉴定微卫星序列的软件)软件对人参果转录组经过拼接获得的68 891条Unigene进行SSR位点发掘,利用Illumina Hiseq 2500测序平台进行转录组测序,通过MISA及GATK对转录本中的SSR和SNP信息进行分析。【结果】在本研究中,利用高通量测序平台对人参果进行测序,获得68 891条Unigene。研究发现,有15 846个Unigene在人参果转录组中被搜索到是有SSR位点的,这些SSR位点总个数为5282,出现频率为7.18%,约6148 bp就会有1个SSR位点被搜索到,且以单核苷酸、三核苷酸的重复为主,这2种重复分别占总重复类型的58.78%,23.93%。A/T和AG/CT这2种基元的出现频率最高,是人参果SSR的优势基元。最多的重复基元数量集中在6～10次,且长度基本小于15 bp。对68 891条序列进行SNP位点搜索后,成功搜索到315 132个SNP位点,SNP的分布密度为1/103 bp,即平均约103 bp就会出现1个SNP位点。其中转换类型有192 575个,颠换类型有120 621个。A/G所占的比率最高,占总量的36.01%,C/T占19.24%,位居其次。比例较高的A/G和C/T均属于转换类型,而剩下的4种颠换类型所占比例均低于15%。转换类型占61.10%,显著大于颠换类型的38.27%。【结论】人参果的SNP变异类型以转换类型为主,转录组SSR位点的分布频率不够高,但种类较多且多态性也十分丰富,能为之后针对人参果展开的一系列研究提供坚实的基础。

• 单位
  青海省蔬菜遗传与生理重点实验室; 青海大学