科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的 编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件。方法 选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作。比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件。使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shell脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性。结果 使用shell脚本可完成所有功能。Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合。结论 shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析。
-
单位北京市疾病预防控制中心; 北京市预防医学研究中心
